从图纸上来看，南沿江城际铁路太仓段线路确实与沪通铁路张家港至太仓段“并线”运行，南沿江城际铁路太仓段平行与在建沪通铁路I期北侧，途经太仓市沙溪镇、璜泾镇、浮桥镇、浏河镇和高新区境内。
南沿江城际铁路太仓段线具体走向为：新建苏南沿江铁路从出常熟站后，继续沿北侧经在建沪通铁路太仓港后、平行与在建沪通铁路一起工程建设，上跨石头塘、新七浦塘、疏港高速、S224、双浮路、杨林塘桥、苏昆太高速、S339，最终接入在建沪通铁路太仓站，并连上沪通铁路，太仓境内主线全长20.492公里。这也就意味着南沿江城际铁路太仓段线止于沪通铁路太仓站，去上海的话直接从沪通铁路太仓站换乘。