库斯科是印加帝国的首都，也可以认为是克丘亚语的中心。库斯科往南的方言，声母保留得较好，而韵尾相对简化；往北的方言则相反，韵尾完整，声母却少很多。
南部方言塞音声母分简单、送气、挤喉三套，北部方言则通常只有简单塞音一套；北部方言 p、t、ch、k、q 这些韵尾都有（除了最北边完全没有垂音的方言），南部方言的韵尾则 p、q 和部分 k 合并为 h（不过 ch 和送气塞音都要用到 h 这个符号，为了避免重码率过高，韵尾的 h 一般又写成 x），t、ch 和部分 k 合并到 s。
以 pisqa（五）为例，南部是 phisqa，北部是 pichqa，由此推导出共祖形式可能是 phichqa。但这个词太常用了，语音不宜太复杂，因此标准克丘亚语采用的是比较简单的 pisqa 这种形式，这也是库斯科方言的实际读法~~