从前半段故事抛出这个城市的设定开始，故事就是紧紧围绕这个城市展开的，即使是讲龙印者和暗印者的战斗，其核心之一也是城市的安危以及永动机的存亡。到了后半段故事，未来组要毁灭新童实野镇以拯救未来，焦点也依旧集中在这座城市上，新童实野镇的存在感被极大地凸显出来。
后半段故事的高明之处在于，没有所谓真正的反派，即使是要毁灭了新童实野镇的未来四人，也同样是为了要拯救自己的时代，大家的分歧只在于解决问题的方法不同，因此未来组的每个人几乎都获得了观众的同情和喜爱，特别是作为卧底安插到蟹哥身边的布鲁诺（又名安提诺米），更是后半段故事最大泪点，虽是卧底，但由于记忆被消除，反而和主角组培养出了深厚的友谊，直到后来记忆恢复，在破灭的未来的压力下依旧选择了相信蟹哥的成长，并通过好几场示范教学亲自推动了蟹哥的进步。
未来组的帕拉多克斯（即悖论），则做了一件前无古人后估计也没来者的壮举，以一人之力单挑三代外挂王，此即游戏王10周年剧场版《超融合！穿越时空的羁绊》的内容。不过这个剧场版弄得实在是诚意缺缺，总共才40分钟左右的时长，也就两个ova的长度，三代外挂王相见，本来是游戏王的一次传承，三人的互动却少得可怜，一点感情基础都没有就匆忙开始打悖论叔了，决斗过程更是坑爹，如果认真算一下，就是王样和十代各一个回合，蟹哥作为剧情进行中的主角，独享两个回合，这样决斗就结束了……感觉就是王样和十代陪蟹哥玩了一场游戏而已，王样的陷阱坑和十代的融合流都只是蜻蜓点水一掠而过，完全体现不出来，实在是浪费了一个三代同堂的好题材。在此我推荐以此为题材的同人作品游戏王mugen《超融合♂超越时空的基绊》，比剧场版燃一百倍。
穿越时空改变未来这种剧情，历来是风险很大的题材，尤其是5DS的时空观明显是单线时空观而不是多元时空论，很容易陷入祖母悖论中，整个计划也很容易出现漏洞。不过5DS解决得还算不错，半截子的龙印者剧情被修改成未来组试图修改过去的尝试，所谓的旧永动机暴走也是未来组试图阻止永动机被应用的策略之一，从逻辑上看倒是说得通的。而WRGP大赛则是未来组之一的阿波利亚为了收集决斗者能量构筑回路，使得名为弧线摇篮的废弃的未来新童实野镇在现存的新童实野镇上空出现，引发两个永动机相撞，毁灭掉现存的城市。
WRGP大赛上，让人印象深刻的队伍还是不少的，比如团队合作第一的独角兽队，第一棒的人就挑落了主角组两棒选手，搞得蟹哥开启了1V3模式，如果不是最后一棒的让头脑发热偏要和蟹哥决一生死，直接结束回合，蟹哥就会因为卡组亏空而失败。
另外，代表凡骨的意志的太阳队也是亮点之一，这一队伍是全5DS里真正的平民的骨气，用的全是DM时代的旧卡，怪兽也几乎是通常怪兽，通过前期的自闭打法，召唤出了号称几乎不可能召唤出来的睡巨人咕咚，当时所有观众意识到太阳队要召唤出睡巨人时，全部高声欢呼为太阳队加油，这是5DS最让人热血沸腾的场景之一。相比于主角有外挂光环的诟病，太阳队为所有OCG玩家展示了平凡人的力量，因此有了更多庶民式的动人之处。
北欧神话也乱入了进来。持有三极神的北欧队，弥补了5DS关于神卡的空白。三极神在动画里的设定都是神属性，动画效果也极其强力，同样是逼得最后一棒的蟹哥不得不单挑三神。不过有三幻神珠玉在前，三极神的影响始终是很有限度，OCG化后更是改回了正常属性，吸引力更进一步下降。
不过唯一让我不爽的是，主角队的模式几乎每次都是一样的，杰克第一棒，乌鸦第二棒，蟹哥第三棒，而且每次都是要蟹哥扛大梁一挑三，蟹哥表示压力很大啊，就算是主角，过分强化也会让人觉得太假了。而且突出蟹哥，意味着要弱化另外两人，可惜了原king杰克了。
除了未来组的主线剧情外，编剧更是趁势而为，开始有意识地讲述龙印者们的日常，其高明之处在于，这些日常都不是单纯的日常，它们或多或少对后面的剧情都有推动作用，或者至少没有被遗忘。
为了准备WRGP的团体赛，主角们开始打工挣钱，蟹哥负责提供上门维修服务，乌鸦负责开着D轮在大街小巷送快递，杰克则负责天天喝“蓝眼”咖啡把钱花掉【喂！秋重新回到决斗学校高中部，龙亚和龙可也在决斗学校小学部和一群小伙伴学习决斗的知识，原卫星区的警官牛尾升入治安维持局，负责管理城市秩序，卡莉继续做着记者，到处奔波找新闻。
除此之外，还有固守着亡夫的时钟店的房东左拉太太、一手抚养蟹哥他们长大的修女玛莎、一家大小长得都像小丑的市区副官耶戈、几乎每条新闻都能出现的游客夫妇……这样真实的人物太多了。特别是后来的ed3和ed4，我对这两个ed简直是到了迷恋的程度，不仅因为歌好听，还因为里面将新童实野镇营造得很漂亮，强烈推荐大家都去认真品味一下。当主角们出现在城市的不同角落时，你会强烈地感觉到：
这些人，是真的居住在这个名为新童实野镇的城市的啊。
这种真实感和一家人似的温馨感，是前两作都没有的。仿佛真的随时可以走进一座名为新童实野镇的城市，在街道旁的咖啡馆看到杰克优雅地喝咖啡，在决斗学校看到秋、龙亚和龙可认真学习，在车库里看到蟹哥满脸灰尘地修D轮，在高速公路上看到乌鸦骑着D轮送快递……
在这座城市里，即使是主角，杰克依然要每天去便利店买最喜欢吃的速食面，为了要参加WRGP比赛秋也要认认真真地学习骑D轮考驾照，蟹哥三人还特地帮秋组装了一部新D轮，不过假如组装动静太大，还会招来房东左拉的怒骂。

真的是这样吗？
身为曾经获得了WRGP冠军的蟹哥、杰克和乌鸦，收到了无数来自世界各地决斗联盟的邀请，身为真正的决斗者，又岂会不想走出世界一试身手？
秋在决斗学校的成绩名列前茅，但她内心真正的理想，是做一个救死扶伤的医生。现在机会来了，要不要去试试呢？
龙亚和龙可那对神奇的父母，终于想起了自己在日本还有一对儿女的事实，发信息让他们搬过去一起住。也好久没见父母了吧，总是两个小孩子孤零零地住着似乎也不好啊？
可是啊可是，在新童实野镇的羁绊怎么办呢？这座城市有共同生活的朋友，有共同奋斗的回忆，哪能说走就走呢？
要不，就这样一直在一起，在一座城市里安安稳稳地过一辈子，也没什么不好吧？各自走向世界的不同角落，每天睁开眼后找不到熟悉的朋友。这样的未来有太多不确定性了，也太让人惶恐了。
可是外面的世界，真的很诱人啊。
大家都在默默纠结着。
不过，这里是游戏王的世界，假如有什么搞不明白的问题，那就通过决斗来解决吧！
于是在幸运杯决赛结束，一百多集的时光流逝后，蟹哥和杰克为了找到那个答案，进行了最后一场决斗。
决斗的结果，在我看来最重要的不是谁胜谁负，只是蟹哥的一段话，而这就是5DS制作组给出的答案：
“在与zone战斗时，爸爸对我的内心诉说着，诉说着我应该做的事情，就是像永动机的游星粒子那样，引导人心，连接人心。”
“就算大家分散在各处，我也想成为像游星粒子那样连接大家心与心的羁绊。”
“所以不需要迷茫，我们是可以一个人站立，一个人前进的！”
5DS真的直到最后，都要出人意料一把啊。
羁绊固然重要，但它不是一切，我们也不可能永远沉溺在朋友的友情中安逸下去。自己的人生，当然还是要靠自己走下去。
三部里面，这是将羁绊讲述得最美好，也最深刻的一部了吧。
到最后，因为蟹哥的一番话，大家都接受了彼此分开的事实，试着一个人去面对一个全新的世界。

凭我的语言已经没有办法再描述最后的结局了，这是一个没有DM那么神来之笔，但比DM更具有现实意义的结局，不完美但充满了希望。在这里，我还是放出蟹哥和牛尾的一段对话吧：

直到最后的最后，新童实野镇依然是他们羁绊连接的场所，能在这样一座城市生活、战斗，也许是一生都无法忘记的记忆吧。
附上我最喜欢的ed3的歌词，5DS的所有精髓，都在这首歌里了。
《OZONE》
歌：vistlip
浮在银河上
绝望的山丘
冷风又一次
吹动了你的围巾
“一年只有一次”
会是什么样的感觉
只是交换一下
便已流下了眼泪
“请一定要在今晚与我相见”
奔向慧星的思念焦虑不安
定下约定等候见面的地方
“一点都没变呢”
在阴天天空的地下
若是没有星星就成为星星好了
一边互相靠近一边对对方起誓
“别走”“直到我答应”
像牛郎星和织女星一般
想让自己比昨天更爱你
催泪雨停了时
喜鹊啊 为我们架桥吧
将我们连结吧
银河上浮动着
低矮的山丘
远望到的景色
和想象中的不同
与那时候比
有些进步吗？
答案并不是NO
但还是觉得不满足
坏心眼的“神”考验着我们
把空位填满
再迎向下一个舞台
“你们是什么关系？”听着这么说
应该比朋友更亲密
但那也有些不同
应该是名为“羁绊”的词
吵架时也为对方分担着
“已经不要紧了？”“还是勉强”
这么对自己说了的话
明天也可以笑着就好了
很辛苦很辛苦
不知何时会死去
所以我们不随意向角宿一
这颗星星许愿
而是发誓
to the milkway（向银河）
听到了你的独白
“从今以后无论多少年都在一起”
我只想说那样的一句话
swear forever repeat forever（永远发誓 永远重复）
一边互相扮白痴又一边爱着对方
“呐 现在在哪里？”“地球上”
因为不是宇航员
所以在臭氧层下就没问题
“明白了，这就去”
想一直吵闹到天亮
在那重要的地方
“你们是什么关系？”
应该比朋友更亲密……
但那也有些不同……
应该是名为“羁绊”一词！