既然菩萨所证的涅槃与二乘所证的涅槃有很大的差异，佛当然要将这些差异处详细加以说明，这样才能显示大乘之所以为“大”、小乘之所以为“小”的真正道理。菩萨依 佛开示，了知三乘菩提差异以后，才能发起菩提心，才能发起菩萨性，愿意依照 佛所施设菩萨法道去修行，也愿意为众生无私无悔地付出，未来才有可能成为四智圆明的究竟佛。
既然如此，接下来应该探讨的是：本来自性清净涅槃是什么？
正如 玄奘菩萨开示：【涅槃义别略有四种：一、本来自性清净涅槃，谓一切法相真如理，虽有客染而本性净，具无数量微妙功德，无生无灭，湛若虚空，一切有情平等共有，与一切法不一不异，离一切相、一切分别，寻思路绝，名言道断，唯真圣者自内所证，其性本寂，故名涅槃。】（《成唯识论》卷十）
也就是说：本来自性清净涅槃是一切诸法相貌所显示的真实理与如如理，本性清净，却含藏了七转识染污的种子，犹待菩萨一一去汰换清净，乃至究竟清净；祂有无量无边的功德，需要菩萨一一去开发去显示；祂从来没有出生过，未来也没有消灭的时候，体性犹如虚空，分明显现；祂是一切有情的根本依，如果没有祂，有情则不能称为有情了；祂也是一切法的根本，诸法都是从祂而出生，没有任何一法可以外于祂而存在；既然诸法都是从祂而来，诸法当然是祂的局部体性，所以诸法与祂的关系是非一非异；祂本身不分别六尘也不思量，离一切相，离一切分别；所以世间的种种言语，到这里就断了，众生的种种心行，到这里也就灭了；菩萨能够亲证本来自性清净涅槃，是圣人所行的智慧境界，不是外人所能了知的；祂的体性本来是寂静的，所以称为涅槃。
玄奘菩萨已经很清楚告诉大众三个重点：第一个重点，本来自性清净涅槃是一切法的根本，与诸法非一非异，本性清净而有杂染；第二点，本来自性清净涅槃无生无灭，不分别六尘，所以言语道断，心行处灭，本性寂灭；第三个重点，菩萨亲证本来自性清净涅槃而发起的智慧，是圣人所行的境界，凡夫及二乘人是无法了知的。接下来，针对这三个重点一一详细说明。
第一个重点，“本来自性清净涅槃是一切法的根本，与诸法非一非异，自性清净而有杂染”，这可以分为两项说明：
第一项、本来自性清净涅槃是一切法的根本，与诸法非一非异。世间所认知的一切法，譬如电脑、飞机、飞弹、山河大地……等，都是由意识所分别出来的法，所以才会有一切众生所领受的诸法出现。意识是为识阴六识所摄，六识的出现，是六根与六尘相接触而从本来自性清净涅槃出生；六根与六尘都是从本来自性清净涅槃出生，所以说一切诸法都是从本来自性清净涅槃藉缘而生；诸法从本以来就是本来自性清净涅槃的局部体性，摄属于本来自性清净涅槃，与本来自性清净涅槃非一非异。譬如手与身体的关系，手是手，身体是身体，是二不是一，所以非一；但是手不能离开身体而有，它是身体的一部分，所以非异。合此诸法与本来自性清净的关系，名为非一非异。由此可知，一切法不能离开本来自性清净涅槃而有，离开本来自性清净涅槃而有一切法，乃至有生住异灭可言，都是言不及义，无非是戏论。
在佛门中有很多人，包括大法师大居士在内，不知道诸法都是以本来自性清净涅槃为因，藉著种种缘而出生。所以有愚痴的众生，尤其是应成派中观六识论的出家法师居士们，从根本否定本来自性清净涅槃的存在，认为一切法只要有缘就可以出生，成为 佛所说的无因唯缘的断见外道。然而这些断见外道的法师居士们，明明知道菩萨所说的法为正真，不但是如理而且也如法；可是碍于面子的问题，碍于名闻利养的问题，有的私下抵制菩萨所说的法，有的在网路上匿名无根毁谤，乃至有人公开对菩萨兴讼；不知道这样的抵制、毁谤与兴讼的结果，未来将会有非常严峻的果报，还自以为自己是在“扞卫正法”，真是愚痴啊！
第二项、本来自性清净涅槃自性清净而有杂染。说到这里，有很多人对这一点很有意见，尤其是应成派中观六识论的法师居士们，一直无法认同这样的说法。为什么？因为他们是以世间法来看待，而不是以真实佛法来看待。世间人所认定的：清净永远是清净，染污永远是染污，不可能清净当中还有染污。所以，应成派中观六识论的法师居士们，向来不相信清净当中还有染污；对于提出自性清净心还有七转识染污种子的人，认为他们的说法是外道法不是佛法。可是他们这样的认知，反而是与真实佛法完全背道而驰，自己变成外道而不知，反而评论真善菩萨所说的法为非法，乃至作无根毁谤，真是颠倒啊！
或许有人会提出：“你有什么证据可以证明自性清净而有染污？”既然有人怀疑，当然要提出证据来证明。当佛弟子对法有所质疑时，当然要以经典为依据来证明。
在《胜鬘经》佛曾开示：【胜鬘夫人说是难解之法问于佛时，佛即随喜：“如是！如是！自性清净心而有染污，难可了知。有二法难可了知，谓自性清净心，难可了知；彼心为烦恼所染，亦难了知。如此二法，汝及成就大法菩萨摩诃萨乃能听受；诸余声闻，唯信佛语。”】（《胜鬘师子吼一乘大方便方广经》）
胜鬘夫人向 佛禀白难以了知的微妙法之后，佛就随喜说：“就是这样子啊！就是这样子啊！本来自性清净涅槃自性清净而有染污，有两种法难以了知祂的真实内涵，那就是：自性清净难可了知；这个自性清净心含藏了七转识的染污种子，所以众生才会被种种烦恼所染，这样的道理真的是难以了知。这两种难以了知的法，只有 胜鬘夫人以及明心以上的大菩萨才能亲证及了知的境界，其余的声闻人，仅能相信佛语开示。”
佛已经很清楚开示，自性清净心而含藏了七转识的染污种子，这样的道理仅有 胜鬘夫人以及明心以上的菩萨，才能亲证及了知的境界，声闻人仅能相信佛语开示，却无法证得。既然 佛开示，声闻相信佛语开示，才能知道自性清净心而有染污，等而下之的凡夫当然更无法了知。应成派中观六识论的法师居士们，既然连 佛开示的“自性清净心而有染污”都不相信乃至否定，不仅是凡夫，而且还成就谤佛、谤法的重罪，未来将如何承受这样严峻的果报呢？如果明知而故意否定佛的正法，那是愚痴人专干的傻事，不是吗？
限于时间的关系，仅讲完第一个重点。另外还有两个重点，将于下次继续说明，敬请各位菩萨继续收看！
阿弥陀佛！
