1911年10月10日，武昌起义爆发，全国响应，终于推翻了清朝的统治，1912年元旦，孙中山在南京宣誓就任中华民国临时大总统，后为拉拢袁世凯，孙中山辞去大总统职位，让位袁世凯。袁世凯撺掇**果实后，实施专制统治，违背共和意志，1913年，为维护胜利果实，孙中山发动“二次**”讨伐袁世凯。但缺少基础与准备的“二次**”很快就以失败告终。

为反对袁世凯已经以段祺瑞为首的北洋军阀的独裁统治，1917年孙中山发动了“护法运动”。武昌起义后，非常国会在广州召开，11月10日孙中山成立了中华民国军政府。孙中山被选为海陆军大元帅，这是孙中山第一次在广州建立的政权。这次政权建立后，胡汉民、朱执信、廖仲恺等人为实现民主共和，做了很大的努力。他们实施民主政治、发展民族工业、改革社会陋习等，被时人赞为“远胜于前清，更优先于各省”。但不到一年，孙中山就受南方军阀和政客的排挤而被迫离开广东赴上海。

1920年，孙中山再次举起护法大旗，将盘踞在广东的桂系军阀驱逐出粤。当年11月，孙中山重回广东，次年4月被非常国会选举为中华民国大总统，5月正式就任，后人称之为非常大总统。孙中山希望通过北伐推翻军阀的统治，但是把持广东军政大权的陈炯明于1922年6月发动叛乱，孙中山被迫再次离开广东。孙中山第二次建立的广州政权也告失败。

1913年2月，根据《中华民国临时约法》的规定，进行首次国会选举（4月8日国会首次召开），国民党得票最多，预备由宋教仁组阁。3月20日，宋教仁遇刺，两天后身亡，引发二次**。结果为袁世凯以武力压服，孙中山等流亡日本。

　　孙中山先生亲自主持制定的《中华民国临时约法》及据此召集的第一届国会（俗称旧国会），一向被公认为资产阶级共和国的象征。孙中山在被迫让出政权后，一直为维护约法和国会而进行着坚持不懈的斗争。当1917年5月，国务总理段祺瑞利用督军团压迫国会接受对德宣战案之际，孙中山即与章太炎、岑春煊、唐绍仪联名致电段祺瑞及参众两院，要求他们遵守约法、尊重国会。段被继任总统黎元洪罢职后，唆使北洋督军叛变独立，以武力胁迫黎元洪解散国会，孙中山又连续通电（或单独、或联名）西南各省，呼吁拥护约法和国会，起兵讨伐北洋群逆。7月1日，张勋拥清室复辟，3日，孙中山便在上海召集在沪陆海军及国民党要人讨论拥护共和、出师讨逆大计。决定在南方另行召集国会，组织临时政府。

　　并向四川扩充势力，于8月11日通电加入护法行列。由于段祺瑞打败张勋重新掌握政权后，拒绝恢复约法和国会，采纳梁启超建议，准备另行召集“临时参议院”，重新制定国会组织法和选举法，选举新国会，以达到他取消国民党议员占优势的旧国会和废除临时约法的目的，从而引起旧国会议员的不满，他们响应孙中山择地另开国会的号召，纷纷南下赴粤。至8月中旬，到达广州的国会议员已达150余人。

8月18日，孙中山在黄埔公园宴请国会议员，商讨召开国会问题。考虑到来粤议员不足法定人数，决定效法法国大**前夕第三等级代表举行国民议会的先例，召开“国会非常会议”（俗称“非常国会”）。25日非常国会开幕，31日通过《中华民国军政府组织大纲》13条，规定中华民国为戡定叛乱、恢复《临时约法》，特组织中华民国军政府。军政府设大元帅一人，元帅三人，由国会非常会议分别选举之。《临时约法》的效力完全恢复以前，中华民国之行政权由大元帅行使，大元帅对外代表中华民国，元帅协助大元帅筹商政务。军政府设外交、内务、财政、陆军、海军、交通六部。为了适应护法戡乱的战争需要，军政府没有采纳《临临时约法》规定的内阁制，而采取中华**党《**方略》中提出的党、政、军权合一的大元帅制方案，实行军事、内政、外交合一的元首制，体现了孙中山为首的中华**党人希望通过护法运动建立本党单独执政的资产阶级**政权的意图。

　　9月1日非常国会选举孙中山为海陆军大元帅，陆荣廷和唐继尧为元帅。10日，孙中山宣誓就职。同日，非常国会通过了军政府各部总长名单，外交：伍廷芳，财政:唐绍仪，陆军：张开儒，海军：程璧光，内政：孙洪伊，交通：胡汉民，军政府参谋总长：李烈钧，大元帅府秘书长：章太炎。军政府的人事安排，体现了中华**党人主动与西南实力派以及国民党稳健派合组护法军政府的愿望。但是陆荣廷与唐继尧等追求的是建立护国战争时期军务院那样的合议制政府，按各方实力排定座次，实现他们称霸西南的野心。

　　而军政府却采取了元首制，树立了孙中山在护法政权中的领导地位，他们反而成了配角。所以陆荣廷与唐继尧对军政府的组织原则及选举结果都非常不满，均不肯就元帅职。伍廷芳、唐绍仪、程璧光、李烈钧等国民党稳健派人士为求得与西南实力派的合作，也赞成合议制，故这四人也不肯就职。于是孙中山任命了一批中华**党的骨干和原同盟会或国民党的激进分子代理各项工作。这样，军政府实际上成为中华**党力图领导护法运动的资产阶级政府，从而决定了它必遭西南军阀的反对而难以长期存在下去。

　　军政府的成立，标志着护法运动高潮的到来，也标志着南北对峙局面的形成。段祺瑞继承袁世凯武力统一中国的衣钵，决心以北洋武力镇压西南护法，挑起第二次南北战争。其军事战略有两个重点：一是对湖南用兵以制两广，一是对四川用兵以制滇、黔。8月6日，段派出心腹大将傅良佐（?-1926）代替谭延闿为湖南督军；派其内弟吴光新（1881-?）为长江上游总司令兼四川查办使。9月9日傅良佐率北洋军到湘后，即下令免除原同盟会会员、零陵镇守使刘建藩和驻衡阳湘军旅长林修梅的职务。18日，刘、林二人联名通电，宣告“自主”，与海军和西南护法各省一致行动。西南护法各省将湘督易人看作是北洋派进军西南的信号，桂系决定派出桂、粤联军80营援助湖南。10月3日孙中山正式下令讨伐段祺瑞等民国叛逆。湘省护法军组成以程潜为首的湘南总司令部，粤、桂、湘三省护法军的总目标是会攻长沙。此时，段祺瑞也向北洋军下达了讨伐令，傅良佐任命第八师师长王汝贤为湘南司令、第二十师师长范国璋为副司令，分三路讨伐湘南。10月6日，北洋军和湘南护法军在湘潭西倪铺接战，护法战争正式爆发。南北两军在湘南激战了一个多月。11月14日，直系军阀王汝贤和范国璋不愿为皖系卖命，径直通电议和，撤离衡山前线。20日护法军轻取长沙。段祺瑞对湘用兵以制两广的计划宣告失败，桂系控制了湖南。与此同时，唐继尧为首的滇系为对抗吴光新率领的入川北洋军，也组成滇、黔联军，与孙中山派往四川的中华**党组织的四川国民军（后改四川靖国军）相配合，与北洋军交战，于12月3日攻占重庆，赶走了段祺瑞新任命的四川督军周道刚（1875-?）和四川查办使吴光新。在其它各省，由中华**党和国民党人领导组建的护法武装也相继而起，纷纷宣布与西南各省一致行动。

　　规模较大的有湖北襄郧镇守使、鄂军第九师师长黎天才等组织的“湖北靖国军”，在襄阳宣布“自主”；前陕西警备军统领郭坚组织“陕西护法军”，在凤翔宣布“独立”。此外，在山东、河南、浙江、江苏、安徽、福建、甘肃，乃至东北等省区，都先后组织了“护法军”、“靖国军”，宣布“独立”或“自主”，护法战争的烽烟席卷了全国大部分省区。这种形势使孙中山非常振奋，他多次召集军事会议，制定了护法北伐的进兵战略：令桂、滇两军肃清湘、川北军，出师合击武汉，其他各路护法军、靖国军也与桂、滇军会师武汉，然后占领南京，大举北伐，会攻北京。

　　北洋军在湖南的失败是直、皖两系矛盾分裂的结果，同时又进一步激化了直皖矛盾。直系首领、代总统冯国璋一直同皖系首领段祺瑞争夺北洋派正统地位及北京政府中央大权。护法战争打响后，冯企图借助西南军阀势力对抗皖系，因而暗中主和；且对皖系利用直系军队打头阵的部署深为不满，正因此，王汝贤、范国璋二将在前线擅自停战撤兵，打乱了皖系夺取湖南的战略部署。对此，段祺瑞极为恼火，愤而向冯国璋提出辞职。冯索性暗示号称“长江三督”的湖北督军王占元（1861-1934）、江西督军陈光远、江苏督军李纯于18日发表联名通电，主张南北双方罢兵休战，和平解决南北问题。11月22日，冯免去国务总理段祺瑞，任王士珍为国务总理，段祺瑞内阁再次倒台，直皖两系公开分裂。25日冯国璋颁布南北停战令。此举在护法阵营内部引起不同的反响。孙中山始终坚持护法，反对南北调和，在11月18日发表对时局的声明:“舍恢复约法及旧国会外，断无磋商余地。”以程潜为首的湘军将领则要求乘胜攻取岳阳，巩固护法军在湖南的胜利。然而以扩张实力和地盘为目的的桂、滇两系，在分别控制了湘、川两省后，便不顾孙中山护法运动的宗旨，很快和直系军阀妥协。陆荣廷在11月24日，即冯国璋颁布停战令的前一日，就表示赞成“长江三督”的主和通电，带头发起南北停战。28日又授意广西督军谭浩明（1871-1925）以湘粤桂联军总司令名义通令响应冯国璋的停战令，命护法军前敌各军停战。滇系军阀则采取两面派手法，一面慷慨陈词，表示坚决护法，敷衍孙中山；一面又与陆荣廷沆瀣一气，彼此呼应，下令驻川滇军停战。

　　直系的主和政策引起皖系与北洋主战派的强烈不满。在段祺瑞及其心腹徐树铮的策动下，吉、黑、奉、直、鲁、晋、陕、豫、甘、新、皖、浙、闽13省督军代表分别于1917年12月2日和1918年1月5日，连续召开两次天津会议，强烈要求冯国璋明令讨伐西南。冯被迫让步，于1917年12月15日任命直隶督军曹锟、山东督军张怀芝分别为第一、二路军总司令南下伐湘。18日任命段祺瑞为参战督办，皖系干将段芝贵为陆军总长，让皖系重掌中央军事指挥大权。1918年1月10日，又以参谋部、陆军部名义下达局部讨伐令，令北洋军进攻湖北荆州和襄阳。1月14日，吴光新率北洋军攻占荆、襄。桂系与湘军看到直系屈从主战派，也向岳阳发动进攻。1月27日护法联军攻克岳阳，俘敌1300余人。如联军乘北洋军兵力集中荆、襄之机直捣武汉，将会使护法战争出现重大转机。但桂系以保守湘境为满足，按兵不动，并提出“北不攻岳，南不攻鄂”为议和条件，从而丧失攻取武汉、会师北伐的大好时机。南军夺取岳阳后，北洋主战派气势更凶，胁迫冯国璋于1月30日下达对整个西南的讨伐令，命曹锟、张怀芝和张敬尧统率所部分路进兵。2月中旬，各路北洋军约10万人分别向湘鄂、湘赣边界进军。3月18日，北洋军“后起之秀”、署理第三师师长吴佩孚（1874-1939，字子玉，山东蓬莱人）率部攻占岳阳。3月23日，冯国璋被迫重任段祺瑞为国务总理，段立即组织北洋军大举南攻，护法军在湖南战场接连失利。26日，吴佩孚占领长沙。北洋政府旋即任命张敬尧为湖南督军兼署省长，命吴佩孚等部分左、中、右三路向湘南进军。4月24日，吴佩孚率中路军占领衡阳，湖南大部分地区沦于北洋军之手。进攻湖南的第一路总司令曹锟及其部下、署第三师师长吴佩孚本为直系军人，挥师南下后连克岳阳、长沙、衡阳，战功最大，而段祺瑞政府竟把湘督兼省长一职授予皖派嫡系张敬尧，使曹、吴大为不满，直、皖矛盾再度尖锐。吴佩孚秉承曹锟意旨，占领衡阳后即停步不前。5月底，曹锟擅自回师天津。6月15日直系与桂系代表签订停战协定，息战言和。8月，吴佩孚通电主和，公开攻击段祺瑞的武力统一政策“实亡国之政策”。直系将领纷纷响应。8月下旬段祺瑞被迫命令前线各军暂取守势。

随着**进程的推进，陈炯明与孙中山之间的矛盾逐渐凸显。1921年，已经有传闻说孙中山与陈炯明之间出现不和。陈炯明认为，孙中山此时就任非常大总统不合时，而且他并不赞成北伐，主张联省自治，建议把广东这个南方省份作为模式推广到全国，这与力主北伐统一全国的孙中山的主张有着极大差异，两人矛盾逐渐激化。1922年3月，孙中山撤销其粤军总司令、广东省长、内务总长职，只留陆军总长职，最终导致“六·一六”事件的发生，二人彻底决裂。